在“未批先建”违法行为行政处罚的法律适用方面，《意见》指出，根据新环境保护法（自2015年1月1日起施行）和新环境影响评价法（自2016年9月1日起施行）取消“限期补办手续”的要求。建设项目于2015年1月1日后开工建设，或者2015年1月1日之前已经开工建设且之后仍然进行建设的，立案查处的环保部门应当适用新环境保护法第六十一条的规定进行处罚，不再依据修正前的环境影响评价法作出“限期补办手续”的行政命令。建设项目于2016年9月1日后开工建设，或者2016年9月1日之前已经开工建设且之后仍然进行建设的，立案查处的环保部门应当适用新环境影响评价法第三十一条的规定进行处罚，不再依据修正前的环境影响评价法作出“限期补办手续”的行政命令。

    在“未批先建”违法行为的行政处罚追溯期限方面，《意见》指出，根据行政处罚法第二十九条法律规定，“未批先建”违法行为自建设行为终了之日起二年内未被发现的，环保部门应当遵守行政处罚法第二十九条的规定，不予行政处罚。《意见》同时指出，建设单位同时构成“未批先建”和违反环保设施“三同时”验收制度两个违法行为的，应当分别依法作出相应处罚，且对违反环保设施“三同时”验收制度的处罚，不受“未批先建”行政处罚追溯期限的影响。

    此外,《意见》同时指出，建设项目“未批先建”并投入生产或者使用后，有关单位或者个人具有超过污染物排放标准排污，通过暗管、渗井、渗坑、灌注或者篡改、伪造监测数据，或者不正常运行污染防治设施等逃避监管的方式排污等情形之一，分别构成独立违法行为的，环保部门应当对相关违法行为依法予以处罚。

    在建设单位可否主动补交环境影响报告书、报告表报送审批方面，《意见》强调，新环境保护法和新环境影响评价法并未禁止建设单位主动补交环境影响报告书、报告表报送审批，建设单位主动补交环境影响报告书、报告表并报送环保部门审查的，有权审批的环保部门应当受理，并根据不同情形分别作出相应处理：对符合环境影响评价审批要求的，依法作出批准决定；对不符合环境影响评价审批要求的，依法不予批准，并可以依法责令恢复原状。

    据悉，环境保护部还发布《关于加强“未批先建”建设项目环境影响评价管理工作的通知》，要求各级环境保护部门要按照“属地管理”原则，对“未批先建”建设项目进行拉网式排查并依法予以处罚。同时，各级环保部门要督促“未批先建”建设项目依法履行环境影响评价手续。